วัดนางชี เป็นวัดโบราณ สร้างสมัยอยุธยา มีหลักฐานยืนยัน คือ พระประธานในพระอุโบสถ และพระพุทธรูปในพระวิหาร เป็นศิลปะสมัยอยุธยา ตามตำนานเล่าว่า เจ้าพระยาพิชัยมนตรีได้สร้างร่วมกับพระยาฤาชัยณรงค์ และออกหลวงเสนาสุนทร สร้างเนื่องจากแม่อิ่มลูกสาวเจ้าพระยาชัยมนตรีป่วยอย่างไม่รู้สาเหตุ จนกระทั่งชีปะขาวมานิมิตเข้าฝันให้เจ้าพระยาพิชัยมนตรีแก้บนโดยให้ลูกสาวบวชชีดังนั้นเมื่อแม่อิ่มหายป่วย เจ้าพระยาพิชัยมนตรีจึงให้ลูกสาวบวชชี พร้อมกับสร้างวัด จึงเรียกว่า วัดนางชีต่อมาได้กลายเป็นวัดร้าง
สมัยรัชกาลที่ ๑ พระยาโชฎึกราชเศรษฐี ได้ดัดแปลงและแก้ไขรูปทรงพระอุโบสถ พระวิหารให้เป็นศิลปกรรมแบบจีน ประดับด้วยเครื่องเคลือบ และนำตุ๊กตาหินแบบจีนและหินปูทางเดินมาจากเมืองจีน เพื่อมาทำการบูรณปฏิสังขรณ์ เมื่อสร้างเสร็จ ได้ถวายแด่พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก มหาราช เป็นพระอารามหลวงต่อมาในสมัยรัชกาลที่ ๓ พระยาราชานุชิต (จ๋อง) ได้บูรณปฏิสังขรณ์วัดนี้อีกครั้ง