จัดศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอน สาขาปาย จัดตั้งขึ้นตามนโยบายของนายวิรัช ลิ้มวิชัย ประธานศาลฎีกา ที่จะอำนวยความยุติธรรม ด้วยความเที่ยงธรรม รวดเร็ว และเสมอภาค และมีดำริที่จะให้มีศาลที่ประชาชนสามารถเข้าถึงความยุติธรรมได้โดยสะดวก รวดเร็ว เป็นธรรม ประหยัดและทั่วถึง จึงบัญชาให้สำนักงานศาลยุติธรรม โดยนายพินิจ สุเสารัจ เลขาธิการสำนักงานศาลยุติธรรม ทำโครงการที่จะก่อสร้างอาคารที่ทำการศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอน สาขาปาย เพื่ออำนวยความยุติธรรมและอำนวยความสะดวกให้แก่ประชาชน ในพื้นที่อำเภอปายและอำเภอปางมะผ้า โดยไม่ต้องเดินทางไปยังศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอนซึ่งมีระยะทางไกล
รูปแบบอาคารกองออกแบบและก่อสร้าง กำหนดรูปแบบให้กลมกลืนกับเอกลักษณ์วัฒนธรรมท้องถิ่นของอำเภอปาย ใช้ต้นแบบของบ้านพักนายอำเภอปาย ซึ่งมีลักษณะเป็นบ้านไม้และยังคงรักษาเอกลักษณ์เดิมของตัวบ้านซึ่งมีอายุมากกว่า 50 ปี ไว้เป็นอย่างดี เป็นผลให้สำนักงานศาลยุติธรรมและกองออกแบบ และก่อสร้าง ซึ่งเล็งเห็นคุณค่าของวัฒนธรรมท้องถิ่น เพราะจะได้อนุรักษ์สานต่องานฝีมือช่างไม้ กำหนดราคากลางงานก่อสร้างอาคารที่ทำการศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอน สาขาปาย เป็นเงิน 5,054,000 บาท ใช้เงินงบประมาณประเภทงบลงทุนการก่อสร้างอาคารที่ทำการศาลจังหวัดแม่ฮ่องสอน สาขาปาย สำเร็จลุล่วงไปด้วยดี และได้เปิด ทำการในวันที่ 3 กันยายน 2552