พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติพาณิชย์นาวี จันทบุรี นับตั้งแต่ปี พ.ศ. 2517 ที่กรมศิลปากรได้มีการดำเนินการศึกษา ค้นคว้า และวิจัยทางด้านโบราณคดีใต้น้ำ ในการดำเนินการสำรวจและขุดค้นแหล่งโบราณคดีใต้น้ำแต่ละแห่ง ทำให้มีจำนวนโบราณวัตถุเพิ่มมากขึ้น การเตรียมการจัดตั้งพิพิธภัณฑสถาน เพื่อเผยแพร่ความรู้เกี่ยวกับการทำงานโบราณคดีใต้น้ำ และประวัติศาสตร์การพาณิชย์นาวีของไทย จึงเป็นงานสำคัญที่ต้องดำเนินงานเป็นลำดับต่อมา ประกอบกับการจัดกุมชาวต่างชาติที่เข้ามาทำการลักลอบงมโบราณวัตถุใต้ทะเลบริเวณอ่าวไทย นับเป็นแรงกระตุ้นสำคัญ ที่ทำให้คนไทยตระหนักถึงคุณค่าและความสำคัญของมรดกทางวัฒนธรรมที่พบจากท้องทะเล ซึ่งจะเป็นหลักฐานที่ช่วยในการสืบค้นความเป็นมา และบอกเล่าถึงเรื่องราวทางเศรษฐกิจการพาณิชย์นาวีในอดีต
พิพิธภัณฑสถานแห่งชาติพาณิชย์นาวีตั้งอยู่ที่ตำบลบางกะจะ อำเภอเมือง จังหวัดจันทบุรี ภายในพิพิธภัณฑ์ได้มีการจัดแสดงนิทรรศการถาวร 6 ห้อง ดังนี้
1. ห้องจัดแสดงสินค้าและวิถีชีวิตชาวเรือ
จัดแสดงเกี่ยวกับประวัติการพาณิชย์นาวีของไทยในสมัยโบราณตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์เรื่อยมาจนปัจจุบัน เส้นทางการเดินเรือ เมืองท่าโบราณ สินค้าประเภทต่างๆ โดยจำลองเรือสำเภาขนาดเท่าจริงไว้ภายในเพื่อแสดงให้เห็นถึงสภาพชีวิตความเป็นอยู่ของคนบนเรือขณะเดินทางในทะเล ตลอดจนสินค้าประเภทต่างๆ ที่นำไปค้าขาย นอกจากนี้ยังจัดแสดงของมีค่าซึ่งพบจากแหล่งเรือจมบริเวณอ่าวไทย ได้แก่ จี้ทองคำฝังพลอยแดง และกำไลทองคำประดับอัญมณี
2.ห้องแนะนำปฏิบัติการโบราณคดีใต้น้ำ
จัดแสดงเกี่ยวกับเทคนิคการทำงานโบราณคดีใต้น้ำ โดยการจำลองสภาพจริงของแหล่งโบราณคดีใต้น้ำ วิธีการทำงาน ตลอดจนเครื่องมือต่างๆ ที่ใช้ในการปฏิบัติงานจริง
3.ห้องคลังเก็บโบราณวัตถุ
จัดแสดงให้เห็นถึงการเก็บรักษาโบราณวัตถุภายในพิพิธภัณฑ์ โดยบางส่วนของห้องคลังเป็นลักษณะพิเศษที่ออกแบบให้ผนังด้านหนึ่งเป็นกระจกใส ทำให้ผู้เข้าชมสามารถมองเห็นโบราณวัตถุที่จัดเก็บไว้ภายในคลังโบราณวัตถุได้
4.ห้องเรือและชีวิตชาวเรือ
จัดแสดงชนิดและแบบของเรือต่างๆ ที่มีใช้ในประเทศไทยโดยการใช้เรือจำลองย่อส่วนตามจริง ทั้งเรือชนิดที่ใช้ในแม่น้ำลำคลองและชนิดที่ใช้ในทะเล เรือพระราชพิธี และเรือรบ เป็นต้น
5.ห้องของดีเมืองจันท์
จัดแสดงเกี่ยวกับประวัติความเป็นมาของจังหวัดจันทบุรีตั้งแต่สมัยก่อนประวัติศาสตร์ สมัยประวัติศาสตร์ การก่อตั้งเมือง เหตุการณ์สำคัญและเรื่องราวของชาวพื้นเมืองของจันทบุรี นอกจากนี้ยังให้ข้อมูลเกี่ยวกับสถานที่ท่องเที่ยวทางวัฒนธรรมและทางธรรมชาติ รวมทั้งสินค้าและอาหารพื้นเมืองที่มีชื่อเสียงของจังหวัดจันทบุรี
6.ห้องบุคคลสำคัญ
จัดแสดงเรื่องราวพระราชประวัติของสมเด็จพระเจ้าตากสินมหาราช กับการทำสงครามเมื่อคราวเสียกรุงศรีอยุธยา ครั้งที่ 2 รวมทั้งเส้นทางเดินทัพเมื่อครั้งตีฝ่าวงล้อมข้าศึกออกมาตั้งทัพ เพื่อรวบรวมไพร่พลและอาวุธยุทโธปกรณ์ที่จังหวัดจันทบุรี ก่อนยกทัพกลับไปกอบกู้อิสรภาพคืนจากข้าศึกเมื่อคราวเสียกรุงศรีอยุธยาครั้งที่ 2