มัสยิดบ้านดาโต๊ะ เป็นมัสยิดเก่าแก่ ซึ่งคาดว่าน่าจะสร้างในสมัยเดียวกับมัสยิดกรือเซะ ในปี พ.ศ.2265 ต่อมามัสยิดเกิดชำรุดทรุดโทรม จนไม่สามารถซ่อมแซมให้ใช้ประกอบพิธีศาสนกิจต่อไปได้ ชาวบ้านจึงไปสร้างมัสยิดชั่วคราวขึ้นใหม่ ปล่อยให้มัสยิดเดิมถูกทิ้งร้าง มีต้นไม้ขึ้นปกคลุม
ต่อมากรมศิลปากรได้มาสำรวจโบราณสถาน และได้พิจารณาเห็นว่า มัสยิดดาโต๊ะเป็นสถาปัตยกรรมที่สวยงาม จึงได้ขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถาน เมื่อปี พ.ศ.2478 ต่อมาในปี 2539 กรมศิลปากรได้ดำเนินการบูรณะอีกครั้งหนึ่ง และยังคงความสมบูรณ์มั่นคงแข็งแรงมาจนทุกวันนี้