วัดป่ามืดใน เป็นโบราณสถานมีเจดีย์กลมแบบลังกา ด้านหน้าเป็นฐานเจดีย์ราย 4-5 แห่ง มีกำแพงล้อมรอบต่อจากกำแพงด้านหน้าเป็นโบราณสถานอีกหมู่หนึ่ง มีฐานเจดีย์และฐานวิหารและเจดีย์รอบอีก 7 ฐาน มีกำแพงรอบเช่นเดียวกัน ตัววิหารเป็นรูปสี่เหลี่ยมผืนผ้าเป็นแบบโถงไม่มีผนัง พระประธานสร้างจากศิลาแลง
อดีตบริเวณวัดถูกปกคลุมไปด้วยป่าอยู่ 3วัด จึงถูกตั้งชื่อว่าวัดป่ามืดทั้ง3วัด โดยถูกแบ่งเป็นวัดป่ามืดนอก วัดป่ามืดและวัดป่ามืดใน และวัดป่ามืดถือเป็นส่วนหนึ่งในโบราณสถานของอุทยานประวัติศาสตร์กำแพงเพชรซึ่งเป็นแหล่งมรดกโลกร่วมกับอุทยานประวัติศาสตร์สุโขทัย ในชื่อ "เมืองประวัติศาสตร์สุโขทัยและเมืองบริวาร"(Historic Town of Sukhothai and Associated Historic Town)