วัดอินทขีลสะดือเมือง นี้สร้างขึ้นในสมัยรัชสมัย พญามังราย เพื่อเป็นที่ประดิษฐานของเสาอินทขิลจนกระทั่งปี พ.ศ. 2343 พระเจ้ากาวิละเจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่ได้ร่วมกับกองทัพพระเจ้าตาก ขับไล่พม่าออกจากดินแดนล้านนาสำเร็จ และได้ฟื้นฟูเมืองเชียงใหม่ขึ้นโดยย้ายเสาอินทขิล มาประดิษฐานอยู่ ณ วัดเจดีย์หลวง และได้สร้างพระวิหารวัดอินทขีลสะดือเมืองขึ้นใหม่บนฐานเดิม
แต่เดิม วัดนี้ทีเป็นพระราชวังหลวงซึ่งเป็นกราบไหว้สักการะของพระมหากษัตริย์และพุทธศาสนิกชนทั้งหลายในสมัยนั้น และมีเนื้อที่กว้างขวาง ถ้าได้มาเยือนจะสังเกตุเห็นว่าวิหารหลวงพ่อขาวนั้นสร้างออกไปกลางถนนเล็กน้อย ที่จริงนั้นเดิมทีถนนไม่ได้ผ่านบริเวณนี้แต่พอสมัยหนึ่งวัดร้างไปทางราชการจึงสร้างถนนผ่าน