วัดเขมาภิรตาราม เรียกกันทั่วไปว่า "วัดเขมา" อยูติดริมแม่น้ำเจ้าพระยาฝั่งตะวันออก เป็นพระอารามหลวงที่เก่าแก่เมืองนนทบุรี มีมาก่อนสมัยอยุธยา พระเจ้าอู่ทองทรงปฏิสังขรณ์ในราวปี พ.ศ. 1893 จังเป็นวัดสำคัญระดับอารามหลวงตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงสันนิษฐานว่าเป็นวัดที่ชาวเขมรมาสร้างไว้ และเอานามเขมรมาตั้งชื่อ คำว่า เขมา หรือเขมะ หรือเขมะรัฐ แปลว่า เขมรนั่นเอง
ในสมัยรัตนโกสินทร์ วัดเขมาภิรตารามเป็นวัดที่อยู่ในสังกัดบัญชีกฐินหลวงของสมเด็จพระบวรราชเจ้า กรมพระราชวังบวรมหาเสนานุรักษ์ในรัชกาลที่ 2 เดิมเรียกว่า วัดเขมา บางครั้งเรียกว่า "วัดเข็นมา"
ในสมัยรัชกาลที่ 2 นี้เอง สมเด็จพระศรีสุริเยนทราบรมราชินี โปรดให้สมเด็จเจ้าฟ้ามงกุฎพระราชโอรสซึ่งต่อมาได้เสด็จขึ้นครองราชสมบัติเป็นพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จไปเฝ้าสมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาเสนานุรักษ์ เพื่อกราบทูลขอวัดเขมาเป็นวัดสำหรับกฐินในสมเด็จพระศรีสุริเยนทรา บรมราชินี จากนั้นได้ทรงบริจาคพระราชทรัพย์บูรณปฏิสังขรณ์วัดเขมาและมีการฉลองใน พ.ศ. 2371 ในสมัยรัชกาลที่ 2 นี้ ได้ปฏิสังขรณ์จนสำเร็จ ให้ข้าฯในกรมขุดรากฐานพระอุโบสถขยายออกไปให้กว้าง และถมพื้นพระอุโบสถให้สูงขึ้น พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัย และกรมพระราชวังบวรฯรับสั่งให้ก่อพระประธานสวมองค์เก่าบูรณะพระพุทธรูปทั้งหมดก่อกำแพงสร้างศาลาการเปรียญ เรียบร้อยแล้วบำเพ็ญกุศลสมโภช เมื่อปีชวด สัมฤทธิศก 1190 (พ.ศ. 2371) ต่อมา ปีกุน ตรีศก 1213 (พ.ศ. 2394) สมเด็จพระศรีสุริเยนทรามาตย์ทรงปฏิสังขรณ์อีกครั้งหนึ่งพร้อมกับอัญเชิญพระพุทธรูปหล่อเก่าแก่จากพระราชวังจันทรเกษมที่ อยุธยามาประดิษฐาน เป็นพระประธานในพระอุโบสถ
ต่อมา ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงรับสั่งให้ปฏิสังขรณ์ทั้งพระอาราม ขุดคูรอบวัด สร้างพระอสีติมหาสาวกล้อมพระประธาน เพื่อฉลองพระคุณสมเด็จพระบรมราชชนนี แล้วพระราชทานนามเพิ่มว่า "วัดเขมาภิรตาราม"
สมัยรัชกาลที่ 5 โปรดให้มีการบูรณปฏิสังขรณ์อีกครั้ง
ที่วัดนี้เองที่ จอมพล ป. พิบูลสงคราม เคยเรียนหนังสือในสมัยเด็ก
ไปเที่ยว
