เมื่อพญามังรายสร้างเมืองเชียงใหม่เมื่อ พ.ศ. ๑๘๓๙ พระองค์ทรงยกพระตำหนักเชียงมั่น ถวายเป็นพระอารามให้ชื่อว่า วัดเชียงมั่น วัดนี้เป็นที่ประดิษฐานพระพุทธรูปสำคัญของเชียงใหม่ "พระเสตังคมณี" หรือ "พระแก้วขาว" ซึ่งเป็นที่เคารพสักการะของประชาชนชาวเชียงใหม่มีสถาปัตยกรรมสำคัญ ได้แก่ พระอุโบสถ หอไตร และที่สำคัญคือ เจดีย์ทรงระฆังฐานสี่เหลี่ยมและมีช้างล้อมที่ฐานหมายความว่าค้ำจุนพระพุทธศาสนาไว้
เมื่อเชียงใหม่ตกเป็นเมืองขึ้นของพม่า ในปี พ.ศ. 2094 วัดเชียงมั่นจึงถูกปล่อยร้าง จนปี พ.ศ. 2101 เจ้าฟ้ามังทรา (สมเด็จพระมหาธัมมิกะราชาธิราช) แห่งพม่า บูรณะปฏิสังขรณ์วัดเชียงมั่นขึ้นมาอีกครั้งหนึ่ง โดยโปรดให้สร้างเจดีย์ วิหาร อุโบสถ หอไตร ธัมมเสนาสนะกำแพง และประตูโขง มีพระมหาหินทาทิจจวังสะเป็นเจ้าอาวาสเมื่อถึงสมัยพระยากาวิละครองเมือง เชียงใหม่ (พ.ศ. 2324 - 2358)
ต่อมาพระพุทธศาสนาแบบธรรมยุกนิกายเผยแผ่เข้ามาในอาณาจักรล้านนา เจ้าอินทวโรรสสุริยวงศ์จึงนิมนต์พระธรรมยุตมาจำพรรษาอยู่ แต่ได้ย้ายไปอยู่วัดหอธรรมและวัดเจดีย์หลวงตามลำดับ ในภายหลัง