โบสถ์ถูกสร้างขึ้นระหว่าง 1150 และ 1230, โบสถ์เซนต์ปีเตอร์มีทั้งสองสไตล์ คือ โรมันและโกธิค และมีระเบียงแบบนีโอ-คลาสสิก ตั้งแต่มีการปฏิรูปในปี 1536 โบสถ์ถือว่าเป็นสถานที่ศักสิทธิ์แบบโบแตสแตนของเมืองเจนีวา
พื้นที่ในตัววิหารเพิ่งถูกขุดและแสดงให้เห็นประวัติศาสตร์อันยาวนานตั้งแต่สมัยอาณาจักรโรมัน ในศตวรรษที่ 8-10 ที่นี่เป็นโบสถ์เก่าแก่ 1 ใน 3ที่ได้อยู่รวมกัน
ตัวอาคารที่ใช้อยู่ในปัจจุบันได้สร้างเพิ่มจากตัวิหารเพื่อกิจการทางศาสนา อีกสองส่วนสร้างในศตวรรษที่ 12 ขยายจากตัวอาคารเก่าเพื่อการใช้งานที่ต่างกันออกไป คือ พิธิของคนทั่วไป และอีกส่วนใช้สำหรับสอนศาสนา
จิตรกรชาวเยอรมัน Konrad Witz ได้วาดภาพ St.Peter Altarpiece ให้กับทางโบสถ์ในปี 1444 ซึ่งปัจจุบันถูกเก็บรักษาไว้ที่พิพิธภัณฑ์ประวัติศาสตร์และศิลปะกรุงเจนีวา