จุดกำเนิดของร้านหัวปลาช่องนนทรีที่เป็นที่รู้จักกันในปัจจุบันนี้ต้องย้อนกลับไปในวันทิ่ 25 กรกฎาคม พ.ศ. 2526 จากการเริ่มเปิดเป็นเพิงร้านขายหัวปลาหม้อไฟ กับอาหารตามสั่งเล็กๆ ริมถนนพระราม 3 โดยมีคุณ กฤช และคุณแป๋ว ลิมป์รัตนกาญจน์ สองสามีภรรยาเป็นผู้ก่อตั้งและดูแล หลังจากนั้นไม่นานก็เป็นที่รู้จักกันอย่าง แพร่หลายของบุคคลที่สัญจรไปมาซึ่งขึ้นชื่อถึงความอร่อยในรสชาติอาหาร
จุดหักเหจากร้านอาหารเล็กๆจนกลายมาเป็นร้านหัวปลาช่องนนทรีในปัจจุบันนี้เกิดจากการพัฒนาร้านโดยคุณกฤช และคุณแป๋ว ลิมป์รัตนกาญจน์ โดยการเริ่มก่อตั้งร้าน ขึ้นมาใหม่ในวันที่ 5 กรกฎาคม พ.ศ. 2529 ซึ่งได้มีการสร้างร้านให้มีความมั่นคงและจัดรูปแบบเมนูอาหารให้มีความหลากหลายมากยิ่งขึ้น และได้ตั้งชื่อร้านว่า “ร้านหัวปลาช่องนนทรี” จากนั้นได้ขยายกิจการมากยิ่งขึ้นและได้เพิ่มสาขาเรื่อยมา ซึ่งในปัจจุบันมีทั้งสิ้น 6 สาขา
คือ พระราม 3, ศรีนครินทร์, บางนา-ตราด, จรัญสนิทวงศ์, พุทธมณฑลสาย 2, รามอินทรา กม.13