ลักษณะของกู่สวนแตง เป็นโบราณสถานแบบขอมอีกแห่งหนึ่งประกอบด้วยปรางค์ อิฐ 3 องค์ ตั้งเรียงในแนวเหนือ-ใต้ บนฐานศิลาแลงเดียวกัน อาคารทั้งหมดหันหน้าไปทางทิศตะวันออก มีประตูหน้าเพียงประตูเดียว อีก 3 ด้านสลักเป็นประตูหลอก ปรางค์องค์กลางมีขนาดใหญ่และมีสภาพที่ ค่อนข้างสมบูรณ์เป็นรูปสี่เหลี่ยมจัตุรัส ด้านหน้าที่มุขยื่นออกมาเล็กน้อย ตรงหน้าบันเหนือประตูหลอกทั้ง 3 ด้าน มีลักษณะยื่นออกมาและมีแผ่นศิลาทรายรองรับ
ส่วนปรางค์อีก 2 องค์ จะมีขนาดเล็กกว่า ฐานลักษณะสี่เหลี่ยมจัตุรัส มีประตูเดียวทางด้านหน้า และผนัง 3 ด้าน ก่อเรียบทึบสำหรับบนพื้นหน้า ปรางค์ มีส่วนประกอบสถาปัตยกรรมหินทรายอื่นๆ ตกหล่นอยู่ เช่น ฐานบัวยอดปรางค์ กลีบขนุนรูปนาค 6 เศียร อายุของกู่สวนแตงสามารถกำหนด ได้จากทับหลังของปรางค์ ซึ่งปัจจุบันเก็บรักษาอยู่ที่ พิพิธภัณฑสถาน แห่งชาติพระนคร อยู่ราวพุทธศตวรรษที่ 17