พระที่นั่งพิมานรัตยา เคยเป็นพระวิมานที่บรรทมของพระมหากษัตริย์ในโอกาสที่เสด็จมาประทับยังหมู่มหาปราสาท พระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จมาประทับเป็นเวลา 1 ปี ในคราวบูรณะหมู่พระมหามณเฑียรในสมัยพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงใช้เป็นที่ชุมนุมมหาสมาคมสำหรับ พระบรมวงศานุวงศ์และข้าราชการบริพารฝ่ายในเข้ารับพระราชทานอิสริยยศและเครื่องราชอิสริยาภรณ์ และยังเป็นที่สรงพระบรมศพสมเด็จพระศรีพัชรินทราบรมราชินีนาถ พระบรมราชชนนีพันปีหลวงเมื่อพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวอานันทมหิดล เสด็จสวรรคต ก็โปรดเกล้า ฯ ให้สรงพระบรมศพ ณ พระที่นั่งพิมานรัตยานี้
ในรัชกาลปัจจุบัน ยังได้ใช้เป็นที่สรงพระบรมศพ สมเด็จพระศรีสวรินทิราบรมราชเทวี พระพันวัสสาอัยยิกาเจ้า สมเด็จพระนางเจ้ารำไพพรรณี พระบรมราชินีในรัชกาลที่ 7 สมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี และพระศพสมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ด้วย