ครั้งพม่ายกมาล้อมเมืองเชียงใหม่ เมื่อปี พ.ศ. ๒๓๐๕ พม่าได้มาตั้งทัพ ณ วัดแห่งนี้
เจดีย์ เดิมคงมีรูปแบบคล้ายเจดีย์ปล่อง แต่คงได้มีการบูรณะอย่างต่อเนื่อง จนกลายเป็นมีรูปร่างคล้ายบาตรพระหรือผลน้ำเต้าซ้อนลดหลั่นขึ้นไป ๕ ชั้น
เมื่อปี พ.ศ. ๒๐๓๕ มีปรากฏชื่อวัดเวฬุวันกู่เต้า ในตำนานพื้นเมืองเชียงใหม่ ครั้งพม่ายกมาล้อมเมืองเชียงใหม่ เมื่อปี พ.ศ. ๒๓๐๕ พม่าได้มาตั้งทัพ ณ วัดแห่งนี้
เจดีย์ เดิมคงมีรูปแบบคล้ายเจดีย์ปล่อง แต่คงได้มีการบูรณะอย่างต่อเนื่อง จนกลายเป็นมีรูปร่างคล้ายบาตรพระหรือผลน้ำเต้าซ้อนลดหลั่นขึ้นไป ๕ ชั้น ประดับด้วยเครื่องดินเผาเคลือบประดับกระจกจีนสีเงิน และทอง สันนิษฐานว่า คงจะบูรณะเมื่อประมาณพุทธศตวรรษที่ ๒๔ พระพุทธรูปปูนปั้นปางมารวิชัย ศิลปแบบมัณทเล เป็นพระประธานในวิหาร
วัดกู่เต้าได้ขึ้นทะเบียนเป็นโบราณสถาน เมื่อปี พ.ศ. ๒๔๗๘ และได้ประกาศกำหนดขอบเขตวัด เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๒๒