วัดมหาพุทธาราม เป็นวัดเก่าแก่ ตั้งมาก่อนเมืองศรีสะเกษ โดยเดิมเรียกว่า “วัดป่าแดง” ภายหลังได้ถือเอาพระพุทธรูปโบราณศักดิ์สิทธิ์ เป็นสำคัญ จึงได้เปลี่ยนเป็น “วัดพระโต” ตามลักษณะของพระพุทธรูปแต่นั้นมา เมื่อปี พ.ศ. 2495 ได้เปลี่ยนชื่อใหม่เป็น “วัดมหาพุทธาราม” และได้เป็นวัดพัฒนาตัวอย่างมาโดยลำดับ เคยเป็นวัดที่มีเจ้าคณะจังหวัดฝ่ายมหานิกายปฏิบัติศาสนกิจหลายรูป และปัจจุบันวัดมหาพุทธาราม ได้เป็นสำนักปฏิบัติธรรมประจำจังหวัด และยังเป็นแหล่งท่องเที่ยวที่สำคัญแห่งหนึ่งของจังหวัดศรีสะเกษด้วย
หลวงพ่อโต ประดิษฐานอยู่ในวิหารหลวงพ่อโตวัดมหาพุทธารามปัจจุบันนี้ ในตำนานเมืองศรีสะเกษเล่าว่า มีการค้นพบหลวงพ่อโตในสมัยสร้างเมืองใหม่ ที่ “ดงไฮสามขา” หลวงพ่อโตที่พบมีสภาพเป็นตุ๊กตาหิน ขนาดเท่าแทน แต่พอไปวัดโดยการโอบด้วยแขนกลับขยายใหญ่ขึ้นจนโอบไม่หุ้ม ดังตำนานเล่าว่า “ที่ตั้งวัดพระโต มีป่าเครือมะยางร่มครื้มหนาแน่น ในขณะที่ถางป่านั้นได้พบตุ๊กตาหินรูปหนึ่ง มีลักษณะคล้ายพระพุทธรูป เล่ากันว่า ตุ๊กตาหินองค์นี้มีอภินิหารเป็นพิเศษ คือเมื่อมองดูจะเห็นเป็นรูปเล็ก ๆ เท่าแขนคนธรรมดา แต่พอเข้าไปกอดเข้ากลับโอบไม่รอบ พวกราษฎรพากันฉงนยิ่งนัก จึงไปบอกอาจารย์ศรีธรรมาผู้เป็นใหญ่ เมื่อรู้ว่าเป็นจริงก็เลยทำพิธีสมโภชกันขนานใหญ่ และขนานนามตุ๊กตาหินองค์นี้ว่า “พระโต” ซึ่งต่อมาได้นำอิฐหรือปูนสร้างเสริมให้ใหญ่จริงๆ ดังที่เห็นกันในปัจจุบัน (จากวัฒนธรรมพัฒนาการทางประวัติศาสตร์ เอกลักษณ์และภูมิปัญญา จังหวัดศรีสะเกษ หน้า 156)
แต่ตำนานที่ค่อนข้างสอดคล้องกับประวัติศาสตร์เมืองศรีสะเกษ จนเป็นที่ยอมรับกันอย่างกว้างขวางเล่ากันว่า หลวงพ่อโตองค์จริงนั้น ถูกหุ้มอยู่ข้างใน เป็นพระพุทธรูปหินดำเกลี้ยง (บางแห่งว่าหินเขียว บางแห่งว่าหินแดง) ปางมารวิชัย (ปางสะดุ้งมาร) เดิมมีหน้าตักกว้างยาว 2.50 เมตร ต่อมากลัวว่าพวกมิจฉาชีพจะทำให้เสียหาย จึงมีผู้ศรัทธาหุ้มเสริมองค์จริงเข้าไปหลายครั้ง จนถึงปัจจุบันนี้ มีขนาดหน้าตัก 3.50 เมตร ความสูงตั้งแต่พระเกศาลงมา 6.85 เมตร เมื่อพุทธศักราช 2509 ได้มีการสร้างวิหารใหญ่ครอบซึ่งมีความกว้าง 14.00 เมตร ยาว 40 เมตร ดังที่เห็นอยู่ในปัจจุบัน จึงพอที่จะสรุปได้ว่า มีการค้นพบหลวงพ่อโตเมื่อ พระยาวิเศษภักดี (ชม) ย้ายเมืองมีตั้งใหม่ในสถานที่ที่เป็นจังหวัดศรีสะเกษปัจจุบัน และได้สร้างวัดพระโตเป็นวัดคู่เมืองศรีสะเกษขึ้น ในปีพ.ศ. 2328 และนับถึงปัจจุบันนี้ (พ.ศ. 2550) วัดพระโตมีอายุ 220 ปี
วัดมหาพุทธาราม (วัดพระโต) ได้ชื่อว่าเป็นวัดเก่าแก่คู่บ้านคู่เมืองศรีสะเกษ เนื่องจากในปี พ.ศ. 2328 เป็นปีที่เจ้าเมืองศรีสะเกษคนที่ 2 พระยาวิเศษภักดี (ชม) ได้ย้ายเมืองศรีสะเกษ จากที่ตั้งเดิมบ้านโนนสามขาสระกำแพงมาตั้งที่บริเวณที่เป็นศาลหลักเมืองในปัจจุบัน ในขณะที่สร้างเมืองนั้น มีคนไปพบหลวงพ่อโต ภายในใจกลางป่าแดง (ขณะนั้นบริเวณวัดพระโตเป็นป่าแดง) จึงได้อุปถัมภ์บำรุง โดยให้สร้างวัดขึ้นบริเวณที่พบหลวงพ่อโต ตั้งชื่อว่า “วัดพระโต หรือวัดป่าแดง” ได้จัดหาพระสงฆ์ผู้ทรงคุณวุฒิมาปกครอง ก่อสร้างเสนาสนะที่จำเป็นต่างๆ และ เจ้าเมืองศรีสะเกษคนต่อ ๆ มาไม่ว่าเจ้าพระยาวิเศษภักดี (โท) หรือเจ้าพระยาวิเศษภักดี (บุญจันทร์) เป็นต้น ก็ได้อุปถัมภ์เอาใจใส่บำรุงวัดพระโตเสมือนเป็นวัดคู่บ้านคู่เมืองศรีสะเกษตลอดมา ตราบเท่าที่ศรีสะเกษได้กลายเป็นจังหวัด ตามกฎหมายแบ่งเขตการปกครอง ซึ่งเปลี่ยนชื่อตำแหน่งเจ้าเมืองใหม่เป็นผู้ว่าราชการจังหวัด ผู้ว่าราชการจังหวัดทุกคนต่างก็ให้ความเคารพยำเกรง เมื่อมาดำรงตำแหน่งใหม่ก็ถือเป็นประเพณีที่ต้องมาทำพิธีบูชาสักการะหลวงพ่อโตในวิหารก่อนเสมอ ต่อมาในปี พ.ศ. 2491 คณะสงฆ์ศรีสะเกษซึ่งมีพระชินวงศาจารย์ (มหาอิ่ม คณะธรรมยุติ) ซึ่งเป็นเจ้าคณะจังหวัดศรีสะเกษขณะนั้น ดำริจะเปลี่ยนชื่อวัดพระโตหรือวัดป่าแดงเป็น วัดมหาพุทธวิสุทธาราม แต่คณะกรรมการสงฆ์จังหวัด ได้พิจารณาเห็นควรเพียงชื่อว่า วัดมหาพุทธารามจึงได้ชื่อ “วัดมหาพุทธาราม”มาแต่บัดนั้น(ทั้งนี้ตามบันทึกของมหาประยูร วัดมหาพุท- ธาราม)
ในขณะนั้น มีวัดเก่าแก่ที่มีอายุใกล้เคียงกัน รายล้อมวัดมหาพุทธารามอยู่ทุกๆ ด้าน เหมือนเป็นปราการเฝ้าระวังของนครหลวง อยู่ 5 วัด คือ
วัดหลวงศรีสุมังค์ หรือวัดหลวงสุมังคลาราม พระอารามหลวงปัจจุบัน, วัดท่าโรงช้าง ต่อมาได้ชื่อใหม่ว่า วัดท่าวิเศษกุญชร หรือวัดศรีมิ่งเมือง ปัจจุบัน, วัดท่าเหนือ ร้างมานานแล้ว ปัจจุบันเห็นแต่เพียงต้นโพธิ์ใหญ่บริเวณหน้าศาลากลางจังหวัดศรีสะเกษเขตของวัดอยู่บริเวณฝั่งห้วยสำราญใกล้ ๆเรือนจำจังหวัดศรีสะเกษ ปัจจุบัน, วัดเลียบ ร้างมานานเหมือนกัน ทางรัฐบาลเคยเช่าตั้งเป็นโรงไฟฟ้าอยู่คราวหนึ่ง ต่อมาจึงเป็นวัดเลียบบูรพาราม ,วัดเจียงอีศรีมงคลวรารามพระอารามหลวง ซึ่งเป็นวัดใหญ่อีกวัดหนึ่งที่มีความสำคัญในทางการปกครองสงฆ์มาจนถึงปัจจุบันนี้