วัดเบียวโดอิน มีส่วนที่เป็นอาคารคลังสมบัติที่เก็บสะสมสิ่งของเกี่ยวกับวัด รวมไปถึงประวัติการสร้างของวัดนี้ด้วย ซึ่งสร้างฝังลงไปชั้นใต้ดินเพื่อไม่ให้ไปรบกวนกับทัศนีย์ภาพของวัด

เดิมเป็นบ้านพักตากอากาศมาก่อน สร้างขึ้นตั้งแต่ศตวรรษที่ 11  เป็นตัวอย่างที่ของสถาปัตยกรรมแบบโจโดหรือ Buddhist Pure Land architecture โดยประกอบไปด้วยการจัดสวนที่แสดงถึงดินแดนบริสุทธิ์ต่างอุดมคติในศาสนาพุทธและยังเป็นต้นแบบให้กับวัดที่สร้างในภายหลังอีกด้วย  

เบียวโดอินถูกสร้างขึ้นเมื่อปี 998 เพื่อเป็นบ้านพักตากอากาศของนักการเมืองผู้ทรงอิทธิพลในสมัยนั้นไม่ใช่เพื่อเป็นวัด แต่ลูกชายได้เปลี่ยนเบียวโดอินให้เป็นวัดในปี 1053 พร้อมกับสร้างห้องโถงฟินิกซ์ (Phoenix Hall) ที่มีชื่อเสียงโด่งดัง และยังกลายเป็นสัญญลักษณ์ด้านหลังของเหรียญเยนด้วย