อ่าวมาหยา เป็นการสร้างสรรค์ของธรรมชาติที่เกิดจากหน้าผาที่โอบล้อมพังทลายกลายเป็นช่องเปิดขนาดใหญ่เชื่อมต่อกับทะเลภายนอก น้ำทะเลไหลเวียนเข้าออกได้ดี เกาะหินปูนแห่งนี้ยังตั้งอยู่ห่างชายฝั่งหลายสิบกิโลเมตร น้ำทะเลใสช่วยให้แสงส่องผ่านในระดับเหมาะสม ตัวอ่อนของปะการังที่ล่องลอยอยู่ทั่วบริเวณพากันลงเกาะบนหินที่ทับถมอยู่กลางอ่าว เวลาผ่านไปหลายพันปี แนวปะการังขยายขนาดปกคลุมทั่วอ่าวมาหยา ในเวลาเดียวกับที่ทะเลมีการเปลี่ยนแปลง กระบวนการของธรรมชาติยังเกิดขึ้นบนชายฝั่ง ตะกอนทรายตกทับถมรวมกันกลายเป็นหาด ผลของพืชชายทะเลที่ล่องลอยมากับน้ำบ้าง มากับสัตว์ต่างๆ บ้าง เจริญงอกงามกลายเป็นป่าชายหาด กินพื้นที่ตอนในของอ่าวประมาณ ๕๐ ไร่
อ่าวมาหยา มีหาดทรายที่ขาวละเอียด น้ำทะเลที่นี่ใสมาก เหมาะสำหรับพักผ่อน เล่นน้ำ นับว่าเป็นสถานที่ท่องเที่ยวที่เป็นไฮไลท์อีกจุดหนึ่งของทะเลกระบี่ อยู่ห่างจากเกาะพีพีดอน 2 กิโลเมตร อยู่ห่างฝั่งกระบี่ประมาณ 45 กิโลเมตร อ่าวมาหยา เป็นอ่าวที่ซ่อนอยู่ภายใต้แนวกำบังของกำแพงผา ด้วยเพราะเหตุที่เมื่อครั้งที่เกิดคลื่นยักษ์สึนามิเกาะพีพีเลจึงรอดพ้นไม่ถูกทำลายและยังคงสวยงาม